Jono Pauliaus II gimnazijos istorija prasidėjo Lietuvos atgimimo laikotarpiu, kai kartu su lietuvių tauta iš sovietinės priespaudos laisvei pakilo ir Lietuvos lenkai. Tautinio atgimimo idėja žadino siekį mokyti vaikus gimtąja kalba, vaikų darželiuose daugėjo lenkiškai kalbančių vaikų grupių, rusiškose mokyklose atsirasdavo klasės lenkų dėstoma kalba. Vilniaus mikrorajone privalėjo atsirasti mokykla, galinti po savo stogu suburti mokinius, kuriems ugdymas vyktų lenkų kalba.

1992 metais susirinko tėvų ir visuomenės veikėjų grupė, pasivadinusi Lenkų mokyklos Vilniuje statybos paramos fondu, kuri pradėjo rūpintis ne tik leidimais, derinimais, bet ir lėšų, reikalingų mokyklos statybai, paieška. Česlav Okinčyc, Bohdan Sobieski, Janina Čyž, Adam Blaškevič, Česlav Mickevič, Ana Mileišo, Krystyna Žabelovič, Henryk Malevski, Teresa Sokolovska daug dirbo, kad 1994 m. rugsėjo 1 d. 1700 lenkiškai kalbančių vaikų ateitų į savo – Vilniaus Jono Pauliaus II vidurinę mokyklą, pastatytą Justiniškių ir Viršuliškių mikrorajonų sandūroje prie Rygos gatvės.

Mokyklos statyba 1992–1994 metais – išskirtinis įvykis Lietuvoje. Tai bendradarbiavimo, visuomenės iniciatyvos, tolerancijos pavyzdys. Statybas finansavo Lietuvos Vyriausybė, Vilniaus savivaldybė, Lenkijos senatas, Lenkijos bendrija „Wspólnota Polska“, šimtai rėmėjų iš viso pasaulio, būsimų mokinių tėvai. Bendruomenės atstovai, būsimų mokinių tėvai noriai dalyvavo įvairiuose darbuose.

Mokyklos poreikį įrodė faktai: 1994–1995 mokslo metais susirinko 12 pirmų klasių, 1997–1998 m. m. mokėsi 2221 mokinys.

Vilniaus Jono Pauliaus II vidurinės mokyklos bendruomenė aktyviai įsijungė į miesto ir šalies gyvenimą. Mokyklos pasiekimai, aktyvi visuomeninė veikla, brandos egzaminų rezultatai, buvusių mokinių studijų pasirinkimas leido užimti deramą vietą tarp kitų mokyklų.

2002 metais mokyklos bendruomenė ryžosi savarankiškai dalyvauti Vilniaus miesto mokyklų tinklo reorganizacijoje ir pasidalijo į dvi mokyklas: Vilniaus Jono Pauliaus II pagrindinę mokyklą (Rygos g. 10) ir Vilniaus Jono Pauliaus II keturmetę vidurinę mokyklą (V. Druskio g. 11/7). Šitaip buvo sudarytos sąlygos visiems mokiniams mokytis pirmoje pamainoje, o bendruomenei ruoštis kokybiniams pokyčiams – siekti gimnazijos statuso.

Bendromis mokytojų, mokinių ir jų tėvų pastangomis po dvejų metų mokykla sėkmingai akreditavo vidurinio ugdymo programas ir 2004 metais tapo gimnazija.

Vilniaus Jono Pauliaus II gimnazija – moderni, saugi, draugiška jaunimo mokymo įstaiga, vykdanti mokymą ir ugdymą lenkų kalba, puoselėjanti krikščioniškąsias tradicijas, ugdanti atvirus ir atsakingus Lietuvos piliečius.

Atsižvelgiant į tai, kad 2020 metai paskelbti šv. Jono Pauliaus II metais, gimnazijos bendruomenė teikė prašymą keisti gimnazijos pavadinimą: „Vilniaus šv. Jono Pauliaus II gimnazija”. 2020 m. rugpjūčio 26 d. Vilniaus miesto tarybos sprendimu Nr. 1-615 Vilniaus Jono Pauliaus II gimnazijos pavadinimas pakeistas: Vilniaus šv. Jono Pauliaus II gimnazija.