Atsižvelgiant į tai, kad 2020 metai paskelbti šv. Jono Pauliaus II metais, gimnazijos bendruomenė teikė prašymą keisti gimnazijos pavadinimą: „Vilniaus šv. Jono Pauliaus II gimnazija”. 2020 m. rugpjūčio 26 d. Vilniaus miesto tarybos sprendimu Nr. 1-615 Vilniaus Jono Pauliaus II gimnazijos pavadinimas pakeistas: Vilniaus šv. Jono Pauliaus II gimnazija.